Shao Kahn heeft gewonnen. De Earthrealm bestaat niet meer. Om zijn koningin Sindel nieuw leven in te blazen, gebruikte keizer Shao Kahn het Outworld Tournament van Mortal Kombat 2 als afleiding terwijl zijn schaduwpriesters zijn gevallen koningin op aarde nieuw leven inblazen. Eenmaal uitgevoerd, verbindt de dimensionale brug tussen de twee rijken zich, waardoor Kahns uitroeiingseenheden de aarde kunnen binnenvallen en vernietigen, en de zielen van de bevolking tot slaaf maken.
Een klein team van Raiden's "Chosen Warriors" overleeft de aanval: Mortal Kombat-kampioen Liu Kang en zijn bondgenoot Kung Lao, Special Forces-agenten Sonya Blade en Jax, de sjamaan Nightwolf, de oproerpolitie Stryker, de nomadische Kabal en de voormalige Lin Kuei-krijger Sub-Zero, die van zijn clan is afgevallen. Tegenover de krijgers staan de huurling Kano, cyber-ninja's Smoke, Sektor en Cyrax, Sheeva, een vrouwelijke Shokan, de tovenaar Shang Tsung en koningin Sindel zelf.
Mortal Kombat 3 voegt nieuwe elementen toe aan de 2D-vechtserie: speelvelden met meerdere niveaus, "Dial-A-Combo" -aanvallen, een "Run" -knop om de gevechten te versnellen en "Vs." codes, die nieuwe krachten en vaardigheden ontgrendelen zodra beide spelers een codesequentie invoeren in pre-match-up-schermen. Ook inbegrepen zijn meer dodelijke slachtoffers op het podium en afrondingsbewegingen, terwijl elke krijger een-op-een probeert te gaan met de Centaurian enforcer Motaro en Shao Kahn zelf.
Mortal Kombat 3 is de laatste traditionele een-op-een-vechtgame in de serie met gedigitaliseerde grafische afbeeldingen voor zijn kombatants, en introduceert online netwerkspel voor de pc-versie.
