Saga Frontier 2 breekt met de niet-lineaire benadering van zijn voorganger door een nieuw op gebeurtenissen gebaseerd scenariosysteem te introduceren, de verhalen op een meer rechtlijnige manier te vertellen en de beschikbare personages en de plaatsen om te bezoeken te beperken. Zoals typerend voor de serie, worden stat-upgrades en nieuwe vaardigheden direct in de strijd verkregen, en niet door ervaringspunten en niveaus te behalen zoals in de meeste andere RPG's. Magische spreuken zijn onderverdeeld in zes elementen die ook kunnen worden gecombineerd, en zijn afhankelijk van de uitrusting en de omgeving om de juiste Anima uit te trekken. Er bestaan ook hybride technieken die wapencommando's combineren met spreukelementen. Net als bij Konami's Suikoden-serie zijn er drie soorten gevechten turn-based partygevechten, één-op-één (duel) en strategische legergevechten
