De bewoners van het dorpje Rockhaven leiden een vredig bestaan. Totdat de kwade geest Dark Yabu letterlijk met zijn handlangers uit de lucht komt vallen en dood en verderf zaait. Gedurende de laffe aanval wordt de grootvader van Vexx gedood en wordt de jonge Vexx zelf gevangen genomen. Eenmaal aan boord van Dark Yabus schip ontdekt Vexx mysterieuze powerups die hem speciale krachten geven.
Vanaf dit moment begint de speler aan de 18 levels van het arcade avontuur. De verschillende levels zijn voorzien van dynamische licht effecten. Ook vindt de actie plaats in een dagnacht cyclus. Als extra uitdaging kun je ook enkele multiplayer games unlocken tijdens de hoofdverhaallijn.