Het verhaal vindt plaats twee jaar na Yuna's epische tocht waarin Sin wordt verslagen. Spira, de eens zo chaotische wereld, is nu de 'Eternal Calm' binnengetreden. Het volk van Spira heeft de leer van Yevon de rug toegekeerd en zijn voormalige vijanden, de Al Bhed, en het gebruik van 'machina' weer omarmd. Er breekt een tijdperk van vrede en vrijheid aan, maar nieuwe gevaren liggen op de loer.
Yuna is nu High Summoner en woont weer in haar geboorteplaats op Besaid Island, waar de dagen rustig voortkabbelen. Dit is het eenvoudige geluk waarvan ze altijd heeft gedroomd. Toch is Yuna's hart koud en leeg. Het lukt haar niet goed de draad weer op te pakken, zoals de anderen dat hebben gedaan.
Tot zij op een dag een mysterieus kristal in handen krijgt, dat beelden bevat van iemand die ze denkt te herkennen: de Blitzball-speler die verdween na de ondergang van Sin. Hoewel Yuna niet zeker weet of hij het is, en of hij uberhaupt nog leeft, is ze vastbesloten hem te vinden. Yuna wil helderheid over hun abrupte scheiding, zelfs als dit betekent dat zij hem nooit meer zal zien.
