Blaster Master Zero is een actie- en avonturengame die is uitgevoerd in een 8-bitstijl met een boven- en zijaanzicht, die teruggrijpt op de gouden jaren van de NES.
De originele NES-game Blaster Master™ van Sunsoft uit 1991 is als basis gebruikt voor Blaster Master Zero dat veel nieuwe zaken heeft toegevoegd, zoals nieuwe gebieden en bazen, nieuwe spelelementen zoals extra subwapens, verbeterde gameplay, een robuuster scenario, verfijndere en uitgebreidere mechanismen voor het ontdekken, en nog veel meer.
Een jonge man met de naam Jason Frudnick stapt in de nabije toekomst op aarde aan boord van het schip SOPHIA III en begint aan een avontuur in de onderaardse diepten van de planeet.
In de zijaanzichten bestuur je de SOPHIA III en verken je de omgeving terwijl je op zoek bent naar de ingang van de grot waar de baas van dit gebied op je ligt te wachten.
Stap uit de SOPHIA III zodra je de ingang van de grot hebt gevonden en baan je als Jason een weg naar binnen toe en ga het gevecht aan met de mutanten vanuit een bovenaanzicht.
Versla de kleine en eindbazen uit het gebied zodat je nieuwe items, subwapens, upgrades voor de SOPHIA III, nieuwe uitrustingen voor Jason en nieuwe vaardigheden krijgt en naar het volgende gebied gaat.
Wat staat Jason te wachten aan het einde van zijn lange avontuur?